Bakı İslam Universitetinin məzunlarının bir qisminin dünyəvi və dini bilikləri, eləcə də dünyagörüşləri məhduddur. Buna görə də, onların cəmiyyət tərəfindən ixtisaslı və sağlam ruhlu mütəxəssis kimi qəbul edilmələrində ciddi problemlər mövcuddur.

Modern.az saytının məlumatına görə, bunu Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin sədrinin müavini Gündüz İsmayılov “Azərbaycanda dini məsələ” adlı kitabında bildirib.

G. İsmayılovun fikrincə, Bakı İslam Universitetinə əsasən zəif bilikli gənclərin, əsasən da qızların üz tutması təhsilin keyfiyyətinə ciddi təsir göstərən amildir.

Məsələn, universitetə keçid balının aşağı olmasını hazırkı tələbələrin gələcəkdə yüksək bilikli və intellektli din xadimləri kimi yetişdirilməsinə maneə törədən əsas amil kimi səciyyələndirmək olar – G. İsmayılov bu qənaətdədir.

Dini komitə rəsmisi qeyd edib ki, Bakı İslam Universitetində təhsil alanların əksəriyyətinin əsas məqsədi formal da olsa, ali dini təhsil haqqında diplom əldə etmək, dini ayin və mərasimləri yerinə yetirmək naminə əlavə imtiyaz qazanmaq, hərbi xidmətdən möhlət almaq, ümumiyyətlə ali təhsilin güzəştlərindən istifadə etməkdir.

“Eyni zamanda aparılan təhlillərdən aydın olur ki, ölkə ərazisində xarici dini təbliğatın qarşısının alınması fonunda bu universitetdən məzun olan kadrların potensialı qaneedici deyil” – yazan G. İsmayılov hesab edir ki, bunun səbəbi universiteti bitirənlərin bir qisminin dini və dünyəvi biliklərə dərindən yiyələnməmələridir.

Komitə rəsmisi əlavə edib ki, digər səbəb onlar yüksək bacarıq nümayiş etdirə bilməmələri, xarizmatik dini şəxsiyyət kimi formalaşmamalarıdır.

Qeyd edək ki, bu il Bakı İslam Universitetinə keçid balı 100 bal səviyyəsində müəyyənləşib. Bu isə Azərbaycanda bütün universitetlər içərisində ən az keçid balı olan ali təhsil müəssisəsidir.

Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin (QMİ) nəzdində olan Bakı İslam Universiteti 1991-ci ildə Bakı İslam Mədrəsəsinin bazası əsasında formalaşıb.

QMİ-nin təşəbbüsü ilə 1992-ci ilin axırlarında Bakı İslam İnstitutu Bakı İslam Universiteti adını aldıqdan sonra tədris müəssisəsinə qəbul olanların sayında artım müşahidə edilib. Ədliyyə Nazirliyi Kollegiyasının 1 mart 1994-cü il tarixli qərarına əsasən universitetin yeni adı rəsmən təsdiq olunub.

2009-cu ildə Təhsil Nazirliyi 5 il müddətinə universitetin fəaliyyətinə xüsusi razılıq (lisenziya) verib. Həmin razılığa əsasən universitetdə bakalavr səviyyəsində Dinşünaslıq ixtisası, magistratura səviyyəsində isə Dinlərin tarixi və İslamşünaslıq ixtisaslaşmaları üzrə kadr hazırlığı aparılır. Lisenziyaya uyğun olaraq, bakalavr pilləsi 4 il, magistr pilləsi isə 2 il müddətində olacaq.

Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin 27 iyun 2002-ci il tarixli, 163№-li sərəncamına əsasən Bakı İslam Universiteti 135 saylı şəhadətnamə ilə qeydiyyata alınıb.

Universitetin rektoru Hacı Sabir Həsənlidir. Universitetin müəllim heyətinin əksəriyyəti öz məzunlarıdır.