Ev şəraitində düzəldilən sirkə düzgün hazırlanmasa, təhlükəli ola bilər. Xüsusilə qida zəhərlənməsi və botulizm (botulinum toksini ilə zəhərlənmə) riski mövcuddur. Amma təhlükəsizlik qaydalarına riayət edilərsə, evdə hazırlanan sirkə həm təbiidir, həm də sağlamlıq baxımından faydalıdır.Foodinfo.az xəbər verir ki, əgər sirkənin turşuluğu (pH) yetərincə aşağı düşməzsə, zərərli bakteriyalar (xüsusilə Clostridium botulinum) çoxala bilər. Bu bakteriya çox təhlükəli toksinlər ifraz edə və həyat üçün riskli ola bilər.İstifadə olunan meyvə, su, qab və alətlər kifayət qədər təmiz deyilsə, göbələk, küf və ya bakterial infeksiyalar inkişaf edə bilər.Sirkənin pH səviyyəsi təxminən 2.5 – 3.5 arasında olmalıdır. Evdə isə bu ölçülmədiyi üçün dəqiq bilinmir. Bu səbəbdən bəzi sirkələr “turşuluq yetərsizliyi” səbəbilə zərərli ola bilər.Evdə hazırlanan sirkə doğru şəraitdə və qaydalarla hazırlanarsa, təhlükəsiz və faydalıdır, amma nəzarətsiz və gigiyenasız hazırlıq halında zəhərlənmə riski daşıyır. Əgər evdə hazırlanacaqsa, reseptə və steril şəraitə ciddi şəkildə əməl edilməlidir.