Первыми жертвами советского нападения пали дипломаты, представлявшие Польшу на территории Советского Союза. Польский посол в Москве Вацлав Гжибовский (Wacław Grzybowski) в полночь с 16 на 17 сентября 1939 года был срочно вызван в Народный комиссариат иностранных дел, где заместитель министра Вячеслава Молотова Владимир Потемкин попытался вручить ему советскую ноту с обоснованием атаки Красной Армии. Гжибовский отказался ее принять, заявив, что советская сторона нарушила все международные соглашения. Потемкин ответил, что нет уже ни польского государства, ни польского правительства, заодно объяснив Гжибовскому, что польские дипломаты не имеют больше никакого официального ранга и будут трактоваться как находящаяся в Советском Союзе группа поляков, которую местные суды имеют право преследовать за противоправные действия. Вразрез положениям женевской конвенции советское руководство попыталось воспрепятствовать эвакуации дипломатов в Хельсинки, а потом арестовать. Просьбы заместителя декана дипломатического корпуса посла Италии Аугусто Россо к Вячеславу Молотову, остались без ответа. В итоге польских дипломатов решил спасти посол Третьего рейха в Москве Фридрих-Вернер фон дер Шуленбург (Friedrich-Werner von der Schulenburg), который вынудил советское руководство дать им разрешение на выезд.
Однако до этого в СССР успели произойти другие, гораздо более драматичные, истории с участием польских дипломатов. 30 сентября польский консул в Киеве Ежи Матусинский (Jerzy Matusiński) был вызван в местное отделение Наркоминдела. В полночь он вышел в сопровождении двух своих шоферов из здания польского консульства и пропал без вести. Когда об исчезновении Матусинского узнали остававшиеся в Москве польские дипломаты, они вновь обратились к Аугусто Россо, а тот отправился к Молотову, который заявил, что, скорее всего, консул с шоферами бежал в какую-нибудь соседнюю страну. Не удалось ничего добиться и Шуленбургу. Летом 1941 года, когда СССР стал выпускать поляков из лагерей, генерал Владислав Андерс (Władysław Anders) начал формировать на советской территории польскую армию, и в ее рядах оказался бывший шофер консула Анджей Оршинский (Andrzej Orszyński). Согласно его показаниям, данным под присягой польским властям, в тот день всех троих арестовало НКВД и перевезло на Лубянку. Оршинского не расстреляли только чудом. Польское посольство в Москве еще несколько раз обращалось к советским властям по поводу пропавшего консула Матусинского, но ответ был одним и тем же: «У нас его нет».
Репрессии затронули также сотрудников других польских дипломатических представительств в Советском Союзе. Консульству в Ленинграде запретили передать здание и находившееся в нем имущество следующему консулу, а НКВД силой выдворило из него персонал. У консульства в Минске был организован митинг «протестующих граждан», в результате которого демонстранты избили и ограбили польских дипломатов. Для СССР Польша, как и международное право не существовали. Произошедшее с представителями польского государства в сентябре 1939 года, было уникальным событием в истории мировой дипломатии.